In 15-luvulla ninjoja palkattiin varten ryhmäveneillä. He olivat terroristeja ja tuhopolttajia par excellence. Toisin samurai Japanin taisteli auki kaksintaistelut. Mutta aikana vaikeina aikoina Sengoku kauden oli suuri kysyntä ninjoja ja vähemmän merkitystä annettiin vastuullisemmin. Ninjoja tuli vakoojia, asiantuntijat väijyksissä hyökkäykset ja leviäminen agitations. Oli perheitä ninjoja, jotka muodostivat iso kiltoja joilla kullakin omalla alueellaan. Heissä oli sijoitusta Jonin ollessa ylempi mies, Chunin on keskellä mies ja avustajien on Jonin. Alin alempi mies tai Genin.
Jälkimmäinen rekrytoitiin alemman riveissä ja lähetetään eturintamassa trouble.Following piiritys Osaka 1614 ninjoja kerran tuli käyttää. Miura Yoemon oli ninja palveluksessa sotapäällikkö Tokugawa. Hän palkkasi enemmän ninjoja päässä Iga klaanit ja lähetti kymmenen heistä Osaka linna. On syytä mainita, että ninjoja jotka tulivat klaaneja. Pre-moderni antiikin Iga maakunnassa asui Iga ja Koga klaaneja. Tällä alueella kyläläiset pääasiassa koulutetaan olla ninjoja. Kun yksi tällainen ratkaiseva voitto Iga ninjoja tuli vartijat sisempi alueella Edo Castle lähellä moderni Tokio.
Ninjoja ja Koga klaanin sai nimitykset poliisivoimissa ja auttoi vartiointi ulko portit linna. Tuona aikana Japanissa oli alun perin nimeltään Ozakajo. Osaka oli tärkeä rooli yhdistymisen maan 16. vuosisadalla ninjoja otti keskeinen rooli aikana talonpoika kapina tunnetaan Shimabara Rebellion 17-luvulla. Talonpojat olivat pääosin kristittyjä. Koja ninjoja työskenteli Shogun henkilö sotilaallisen rank.In ensimmäisinä vuosina 18-luvulla Shogun Tokugawa Yoshimune perustaa tiedustelupalvelu, Oniwabanshu, joka koostuu ninjoja. Se turvattu tietoa kansallisista turvallisuussyistä.
Ryhmä koostuu onmitsu ninjoja jotka sniffed kaikki toimet daimyos ja hallituksen servants.The daimyos oli voimakas sotapäälliköiden keskiajalla jotka hallitsiv