Alla kirjasto, Spartan-117 löytää itsensä kynsistä Gravemind, olento, joka toimii tuntevia älykkyys Flood. Vaikka Thel "Vadamee oli pudonnut korkealta, hän on pelastettu romahtaessa hänen kuolemaan Gravemind lonkerot. Se on Gravemind n kammioon, jossa Thel "Vadamee ja Spartan-117 tavata. Lisäksi, profeetta pahoillani on saanut tartunnan ja rinnastetaan osaksi sen massa. Esitteli myös on on 2401 Penitent tangentti, Monitor Asennus- 05.
Molemmat merkit toimivat alttius Thel "Vadamee, kuten Regret edelleen lujia uskostaan, ja Monitor on täysin tietoinen sen asemaa aseena. Thel "Vadamee on edelleen johti kysymykseen uskonsa sekä Spartan-117 ja Gravemind itse, koska he molemmat yrittävät vakuuttaa Elite että yleissopimuksen n uskomus Haloja on valhe, paljastaa että Haloja tuhota elämä, ei tallenna se . Nämä tiedot sekä tiedot välittömästä kansanmurhan Eliitit johtaa Thel "Vadamee vastahakoisesti liittymällä Spartan-117 tehtävänä on lopettaa rengas silloin.
Gravemind lähettää sekä Spartan-117 ja Thel "Vadamee eri paikkoihin auttaa lopettamaan indeksi pääsemästä määränpäähänsä. SPARTAN-117 lähetettiin korkea Charity hakea Index samalla Thel "Vadamee lähetettiin alueelle, jossa valvomossa Asennus 05 pysäyttää yleissopimuksen aktivoimasta renkaat.
Spartan-117 tulee sitten keskellä konferenssin Totuuden. Profeetta Totuuden, paettuaan murhan, pakenee Dreadought. John-117 jahtaa häntä, tappaen monia Covenant joukkoja matkalla. Hän myös todistajia ristiriita eliitin ja petoja. SPARTAN-117 säästää muutaman merijalkaväen matkan varrella.
Samaan aikaan, Flood, valvonnassa Gravemind törmää korkea Charity käyttäen keltaisena verhottu. Kun Johannes lähes kohtaa totuuden, hän toteaa Mercy tartunnan Flood; Profeetta kertoo Spartan että totuus on menossa Maahan "loppuun mitä aloitimme". Hänen pyrkimyksiä saavuttaa Forerunner Dreadnought, hän on taistella tiensä Flood ja Covenant. Kun lennolle kautta energian kanavan Dreadnought, hän jättää Cortana takana, mutta lupaa, että hän tulee takaisin hänen.
Samalla, Thel "Vadamee on teleportataan lähellä Halo valvomosta.
Siellä hän löytää paljon kuolleita eliitit, jotka olivat epäilemättä tapettu petoja. Avulla muutaman käyttöön Eliitit, ja sympaattinen Murisijat ja Hunters, hän taistelee tiensä vastaamaan alueellisia kauppasopimuksia "Vadumee, joka on yllättynyt kuullessani, että petoja murhannut valtuutettua. He taistelevat tiensä Scarab, jossa kersantti Johns