Neils Bohr, johtava ydinfyysikko ja edelläkävijä alue ydintutkimuksen, ehdotti, että uraani-235 oli osa vastuussa ydinfissiota, ja vuonna 1939 ajatus fissio pommi oli suunniteltu. Rotblat liittyi Chadwick Liverpool, ja tuli tunnustettu hänen kykynsä sekä hänen merkittävä kollegansa.
1. syyskuuta 1939 Saksa hyökkäsi Puolaan ja sota julistettiin. Valitettavasti Rotblat vaimo, Tola, jäi loukkuun Puolassa huolimatta hän yrittää pelastaa hänet.
Tola väistämättä kuoli Majdanekin keskitysleiri Puolassa. Rotblat ei ilmoitettu hänen kuolemaansa vuoteen 1945 saakka; hän tuhoaman tämän uutisen. Huomioon hänen lähellä ja henkilökohtaista kokemusta tuhoisia ja tuhoava vaikutus Hitlerin "hallinnon Rotbalt tuntui että Hitler tarpeen olla este. Itse asiassa, hän esitteli toteutettavuus uraani-polttoainetta pommi Chadwick. Hän paini hänen omantunnon vaikka hän tunsi, että oli välttämätöntä estää Hitlerin hyökkäystä, hän tunsi vahvasti, että se ei ollut hänen työnsä pyrkimään tällaisen joukkotuhoase.
Lopulta Rotblat kutsuttiin liittyä Manhattan-projekti Yhdysvalloissa ja hän hyväksyi. Hän muutti Los Alamos Labs New Mexico vuonna 1943. Hän työskenteli Oak Ridge Lab erikoistunut Uraani - kriittinen askel kohti pommi. Manhattan-projekti oli johdolla Robert Oppenheimerin ja oli niin merkittävä tutkijat Aluksella Edward Teller, Richard Feynman ja Enrico Fermi. Varhain, Rotblat oli kaksijakoinen tunne hänen osallistuminen hankkeeseen.
Kerran hän osallistui kokoukseen, jossa General Groves, sotilaallinen johtaja Manhattan-projekti, julisti, että ensisijainen syy kehittää pommi oli voittaa Stalinin ja alistaa neuvostoliittolaiset. Tämä selitys levoton Rotblat, sillä näyttänyt olevan mitään yhteyttä natsi-Saksan. Lisäksi hän totesi, että valtavia resursseja tarvitaan onnistuneesti luoda fissio laite oli yli Saksan valmiudet. Hän yhdistänyt voimansa Niels Bohr, joka myös halusi estää kilpavarustelu Neuvostoliiton kanssa, yrittää vakuuttaa liittolaisia sijoittaa hankkeeseen kansainvälisessä valvonnassa.
Tämä suositus ohitettiin.
Vuoden 1944 Rotblat erosi hankkeesta. Vuonna 1985 Rotblat esitteli näkökulmasta tiedotteessa Atomicin Tutkijat artikkelin otsikolla, Leaving Bomb projekt t (katso moniste). Tässä pala, hän väitti, että käsite käyttää hänen tietämättään toteuttaa joukkotuhoaseita oli täysin vasten
Kiistelty Bill 183